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选取晴好天气，大棚温度在15℃以上时进行嫁接，可采用插接法、靠接法、劈接法等，近来以插接法较为常用，此法操作简单，成活率高，
一般砧木较接穗晚播3-5天，以砧木、接穗子叶展平刚露真叶为宜。先用刀片去除砧木的生长点，并在砧木子叶下方1cm处从上到下作30°的斜切口，切口深度为茎秆粗度的1/2左右，切口长1cm。再在接穗相同高度的茎秆位置向上30°斜切1个长1cm的切口，深度与砧木相同，两者相互契合后用嫁接夹固定，放回苗床上。嫁接过后伤口不要贴近穴盘，以免接穗接触土壤而发生不定根。完全成活后将西瓜接穗伤口下方切断。
一般嫁接后30～35d，接穗便可长出3～4片真叶，在西瓜定植前7d，需进行倒苗炼苗，倒苗前2d，应先浇1次小水，然后倒苗并根据苗的优劣，集中分级管理。炼苗可以缩短缓苗时间，能使西瓜提前7d左右上市。炼苗时，白天温度保持在18℃～20℃，夜间温度可保持在10℃，当西瓜的日历苗龄达40d，或生理苗龄达到4叶1心时，即可定植。
先种西瓜子因为嫁接是将两个植株的组织接合在一起，一般来说，作为主体的植株应该是种植比较成功的植株，而西瓜比南瓜更适合生长，因此先种西瓜子更为合适。值得一提的是，嫁接也需要考虑两个植株的亲缘关系，如果南瓜和西瓜的亲缘关系较近，则可以考虑先种南瓜子，但如果亲缘关系不近，则优先选取种植较为成功的植株。
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